Ученые ИТМО разработали программу, которая сравнивает совокупности ДНК микроорганизмов, в том числе обитающих в теле человека. С ее помощью можно будет провести экспресс-анализ маркеров, указывающих на наличие каких-либо заболеваний.
У каждого человека есть геном – особая последовательность генов, в соответствии с которой развивается его организм. А метагеном - это совокупность ДНК разных микроорганизмов, обитающих в его теле: бактерий, грибов, вирусов. Метагеном часто указывает на различные заболевания и предрасположенность к ним.
Ученые из Университета ИТМО, Федерального научно-клинического центра (ФНКЦ) физико-химической медицины и МФТИ разработали программу MetaFast, которая позволяет быстро сравнивать между собой совокупности ДНК микроорганизмов, обитающих в разных средах. Исследователи уже предложили несколько вариантов применения новой программы на практике. Так, сравнив при помощи алгоритма микрофлору здорового человека с микрофлорой больного, можно быстро выявить ранее неизвестные патогенные организмы, а также их штаммы. Результаты исследования опубликованы в журналеBioinformatics.
- При исследовании микрофлоры кишечника пациентов могут быть выявлены микроорганизмы, ассоциируемые с каким-либо заболеванием, например, с диабетом или предрасположенностью к нему. А это уже предпосылки для применения персонализированной медицины и создания новых лекарств, – рассказал главный разработчик алгоритма Владимир Ульянцев, сотрудникМеждународной лаборатории “Компьютерные технологии”Университета ИТМО.
С помощью программы можно проводить экспресс-анализ маркеров, указывающих на наличие каких-либо заболеваний. Затем, используя другие методики, например ПЦР (полимеразная цепная реакция – способ многократного копирования фрагментов ДНК), подтверждать и корректировать результаты. По словам ученых, программа потенциально способна сократить сроки создания новых лекарств в несколько раз.
